협회는 27일 해명서를 통해 "R&D투자를 늘리는 기업에 불리하고 투자를 줄이는 기업에 오히려 혜택이 돌아간다"는 보도 내용과 관련해 "이는 제도의 특성상 당기분 공제방식보다 증감분 공제방식이 세제감면혜택이 높을 수 밖에 없다는 사실을 외면했다"고 주장했다.
제약협회는 또 "제약회사에 큰 혜택이 돌아가지 않고 연구개발투자 유인효과에 대해서도 의문이 제기된다"는 시각에 대해서는 "R&D투자비를 매년 7% 이상씩 지속적으로 증가시키고 있는 기업의 경우 이번 세제공제 확대로 인한 영향을 받지 않으며 기존 증감분 방식을 적용하는게 유리하기 때문"이라고 해명했다.
즉 "일정규모의 R&D자금을 지속 투자하고 있거나 투자비를 점증시키고 있는 기업의 경우 당기분 방식을 적용해 기존보다 더 많은 공제혜택을 받을 수 있다"는 것이다.
제약협회는 이어 "제약산업 육성책으로 미흡. 세제지원보다 효과적인 특별예산지원, 연구개발제약사 약가우대, 성공불융자제도 등의 대책마련이 필요하다"는 주장에 대해서는 "재경부의 이번 세제개편안은 제약협회의 "제약산업 R&D활성화 및 GMP시설 투자를 위한 조세감면 건의"내용을 대폭 반영했다는데 의의가 있다"고 평가했다.
제약협회는 그러나 "(자기노력 세제공제분)3%+α로는 혁신형 제약기업의 R&D투자의욕을 고취하는데 미흡하다"는 보도에 대해서는 "인정한다"며 "하지만 이를 위해 제약협회는 정책건의 등을 통해 신약개발을 위한 R&D투자에 대한 조세감면이 선진국 수준인 당해연도 R&D투자액의 15%까지 공제될 수 있도록 계속 노력할 것이다"고 밝혔다.