국립암센터는 국립암센터법에 의한 특수법인으로서 정부회계기준이 아니라 자산과 손익의 결산, 감가상각비의 등을 기업회계기준 및 절차에 따라 처리하고 있다는 것.
따라서 예금 등 자산의 증감변동에 관한 사항은 매년의 대차대조표와 손익계산서에 표시된다는 주장이다.
국립암센터는 기업회계기준에 따라 관리하고 예금 현황 등 제반재무상태를 명확히 한 대차대조표 등 결산서를 작성해 공인회계사의 감사를 거치는 등 엄격히 관리하고 있다고 밝혔다.
즉 이같은 절차를 거쳐 확정된 결산서는 공개되고 관계부처에 제출해 예산심의등 과정에서 거듭 확인을 받고 있으므로, 비자금이 은닉될 여지가 없다고 해명했다.
감가상각비의 계상은 감가상각 대상 자산에 대해, 노후등을 감안 일정액을 감액시키는 행위로서, 현금의 지출이 수반되는 것은 아니나, 세출예산에 집행하는 것이 기업회계제도와 예산제도를 병행하고 있는 기관의 일반적 사례라고 밝혔다. 때문에 자산증감변동, 보유현황등을 파악하기 위해서는 대차대조표, 손익계산서 등 재무제표에 의한 것이 원칙이라는 것이다.
국립암센터는 보도에 나타난 수치는 매년 예산의 수지만을 단순 계상 운영하는 세입세출 예산서만을 기준으로 본 것이라고 분석했다.