이번에 개편된 조직은 산업부문과 기능부문으로 나눠진 것이 특징이며 산업부문은 제조산업과 서비스산업으로, 기능부문은 산업지원기능과 R&D사업관리기능으로 각각 구분했다.
새로운 조직편제는 기획관리본부와 연구사업관리본부체제로 구축하고, 기존의 산업·기능부문의 유사업무를 통합·조정해 기획관리본부 하부조직으로 기획조정실, 보건의료산업단, 식약산업단, 산업지원단 등 1실 3단으로 편제하는 한편, 기존 보건의료기술 R&D관리의 고유기능을 강화해 연구사업관리본부를 두고 있다.
특히 공공보건의료를 내실 있게 확충하기 위해 기존의 농어촌의료서비스기술지원단을 확대·개편해 보건의료사업단 내에 공공보건의료사업지원단을 신설했다.또한 효율적 조직운영에 의한 시너지효과와 바이오혁명, 고령화사회 등 외부환경변화에 적극적으로 대처하기 위해 산업총괄팀, 실버산업팀, BT전략팀을 신설하는 등 26개 사업팀으로 편성했다.
진흥원측은 이같은 직제개편에 따른 인사발령은 부서장(단·실장) 추천 및 희망보직과 직무조사를 토대로 조만간 단행할 예정이다.