의협은 식약청 박종필 약무주사와 백선영 연구관이 식약청 홈페이지 및 방송보도에서 수입백신과 국내백신간 효능 차이가 거의 없음에도 불구하고 의사들이 돈을 벌기 위해 환자를 속이고 현혹하는 것처럼 허위 발언을 한 것과 관련 "식약청 본연의 업무에 제약사 관리·감독의 책임이 있다는 것을 망각한 채, 단순히 의료계를 매도할 목적으로 행해진 부도덕한 처사"라고 지적했다.
또한 "식약청은 의사들이 수입백신을 사용한 이유가 국내독감백신에 포함된 성분의 위해성 즉 안전성에 대한 우려 때문이었다는 사실을 은폐하고 있고, 이로 인하여 엄청난 피해를 감당하고 있는 의료계에는 아무런 답변이나 사과 표명을 하지 않고 있다"고 밝혔다. 의협은 보건복지위원회 이석현 위원장에게 전달한 건의서에서 "본 사안은 제2의 PPA 사태와 같은 사회적 혼란이 유발될 수 있음을 감안하여, 우리나라 헌법상 국민을 대표하는 최고 입법·감사기관으로써 동 사건을 엄정하게 조사하여 식약청의 잘못된 점을 밝히고, 관계자 중징계, 사과 성명 등 관련 조치를 취할 수 있도록 해 달라"고 요청했다.
이어 복지부 장관에게 전달한 건의서에서도 의협은 "식약청을 관리·감독하는 복지부에서 관계자 중징계, 사과 성명 등 납득할 만한 조치를 취해달라"며, "만약 이번에도 의협의 요구가 무시될 경우 의협이 할 수 있는 모든 법적·사회적 조치를 취할 수 밖에 없다"는 강경한 입장을 표명했다.
이와 함께 의협은 "본 사안에 대한 식약청의 대처는 국민에게 본보기가 되어야 할 공기관으로서의 기본 자세가 되어있지 않은 부적절한 처사였으며, 이에 대해 공식적인 사과 성명, 관계자 중징계 등 관련 조치가 이루어지지 않을 경우 국민의 건강권 보호를 위해 의협이 할 수 있는 모든 방법을 동원해 대응하겠다"는 내용의 건의서를 식약청장에 전달했다.