교육부는 전국 63개 의·치·한의대의 대학원 교육과정 운영 및 학위수여 실태 조사를 자체적으로 실시 교육부에 보고토록 했다.
교육부는 이들 대학의 실태 분석결과 운영상 문제점이 발견 될 경우 이를 과감히 개선할 예정이라고 밝혔다.
또한 비리혐의가 포착된 대학에 대해서는 자체감사팀을 구성해 대학원 교육과정 운영 전반에 대해 강도 높은 감사를 실시하고, 그 결과에 따라 행·재정적 지원을 제한하는 등 불이익을 줄 예정이다.
특히, 전주지방검찰청 수사에서 밝혀진 금품수수 교수들에 대해서는 수사결과에 따라 해당대학으로 하여금 징계조치 등 엄중한 조치를 취하도록 할 방침이다. 뿐만 아니라, 금품을 공여하고 박사학위를 취득한 것으로 확인되는 의사에 대해서는 학칙 및 관련 규정에 따라 모두 학위수여를 취소토록 해당대학에 강력하게 요구할 계획이다.
교육부는 이번 박사학위 관련 비리는 의사 및 교수들의 도덕성에 상처를 입게 했을 뿐 아니라 대학전체에 대해 불신을 초래하는 중대한 사건으로 전국(치의학, 한의과)대학협의회장, 대한의사(치과의사, 한의사)협회장 등 관련 단체에 대해 대학의 자정 노력을 촉구해 줄 것을 요구했다.
이와 함께 교육부 안에 "대학원 학위제도 운영 개선 추진팀"을 구성, 학위 부정수여에 대한 원인을 파악하는 동시에 근본적인 예방책을 강구한다는 계획이다.