이전에는 의약품 제조업자가 건강기능 식품을 제조하려면 별도 시설을 갖춰야 했으나 앞으로는 식품의약품안전청장이 의약품으로 인한 오염 등의 우려가 없다고 인정·고시하는 경우에는 의약품 제조시설로 건강기능식품도 제조할 수 있게 돼 중복 투자를 방지할 수 있게 됐다.
한편 GMP(우수의약품 제조·관리 기준) 인정을 받은 의약품 제조시설에서 건강기능식품이 제조될 경우 안전성도 확보될 것으로 기대된다.
또한 수입 건강기능식품은 일반식품과 달리 수입량이 최소 기준(100Kg)에 미달하는 경우 동일한 제품이라도 매번 정밀검사를 받도록 하던 것을 최초 수입하는 경우에만 정밀검사를 받도록 해 수입업자에 대한 규제를 완화했다. 단, 안전성확보를 위해 정밀검사를 면제받는 건강기능식품이라 하더라도 식약청장이 정하는 바에 따라 무작위로 표본을 추출해 정밀검사를 실시하게 된다.
한편 11월 말 현재 건강기능식품 제조업소는 260개소, 품목 제조신고 수는 2358건이며 수입업소 1000개소, 판매업소 수는 3만4895개소에 이르고 있다.