대한한의사협회는 이같은 조사 결과의 차이는 YMCA의 객관성을 잃은 조사대상 선정에 문제가 있는 것으로 가격 조사 대상이 일부 "유명세"를 타고 있는 한의원을 중점적으로 선정, 문제가 있다고 지적했다.
이에따라 이번 한약 가격에 대한 조사는 그 신빙성에 의문이 있다며 재조사의 필요성을 제기했다.
이와는 별도로 한의사협회는 일부에서 한약의 가격을 지나치게 고액으로 책정한 한방의료기관이 파악되는 경우 징계를 하는 등 자율정화 차원의 조치를 하겠다고 밝혔다.
튻히 전문지식인 의료행위에 관한 부분을 원가대비하여 단순히 수치상으로 폭리를 취하는 것인가를 조사하는 것은 적절하지 않다고 지적했다.의료행위는 인체의 건강과 생명을 유지하는 전문적인 분야로 이를 의료에 있어 의약품의 처방이나 진단을 단순히 원가대비 처방가의 수치상 잣대로 판단한다는 것은 의료행위를 경제의 논리로 판단하자는 것이므로 아주 부적절하다는 것이 협회의 입징이다.
협회는 이러한 약재의 가격문제를 포함한 약재의 표준화, 기술료 산정등의 문제는 한방의료보험 적용을 확대함으로서 대부분 해결될 수 있다며 정부에 대해 적극적으로 한방의료보험에 약재 급여를 확대방안을 촉구했다.