보건복지위 소속 안명옥 의원(한나라당)에 따르면 식약청은 1998년 개청 당시 미국 FDA와 같은 국민건강의 안전판 역할을 자처하며 설립, 예산과 인력을 꾸준히 늘려왔지만 불량만두, PPA 감기약 파동 등 식품·의약품 안전사고가 줄어들지 않고 있어 국민들은 안심은커녕 오히려 불안해하고 있다며 땅에 떨어진 식약청의 권위는 스스로 자초한 결과라고 지적했다.
또한 "불량만두 파동 등 식품위생사범이 계속해서 발생하고 있는 상황에서 신고포상금 집행율이 20%대로 떨어져 제 역할을 하지 못하고 있다"며 "식약청이 신고포상금 제도를 방치한 측면이 있다"고 지적하면서 국민들의 신고참여를 이끌어내는 방안을 강구할 것을 식약청에 주문했다.이어 연구개발비 지역편중 현상과 관련 2003년도 연구개발비 지역별 현황을 보면 외부용역사업비 156억6,500만원 중 69.0%에 해당하는 108억800만원이 서울, 인천, 경기도 등 수도권 지역으로 편중되고 있다며 2002년도 73.2%보다 개선되긴 했지만 국가연구개발사업의 수도권 지원비율이 46.8%임을 고려할 때 수도권 편중 현상이 심각하다고 꼬집었다.
특히 전남의 경우 2002년에 이어 2003년에도 연구개발비 지출이 없으며 인천(0.5), 울산(0.3), 충청남도(0.6), 제주도(0.5) 등도 1% 미만을 기록하고 있다며 이같은 결과는 노무현 정부의 주요 국정과제인 "국가균형발전"과도 맞지 않다고 설명했다.
안 의원은 또 "2003년도 식약청이 수행한 총 421건의 연구과제 중 식약청이 직접수행과제는 132건(93억5,300만원, 31.4%)으로 과제당 평균연구비가 7,000만원인 것에 비해 외부수행과제는 289건(145억8,700만원, 68.6%)을 차지, 과제당 평균연구비가 5,000만원 밖에 되지 않는다"며 식약청 직접수행과제와 외부수행과제의 평균연구비 보다 2,000만원 넘게 차이가 나는 이유에 대해 해명을 요구했다.
안명옥 의원은 "지난 1999년부터 2003년까지 정보화사업에 총 257억600만원이 투입됐지만 의약품정보 DB 구축과 식·의약품정보웹통합시스템 구축 등 정보화사업이 계획대로 추진되지 못하고 있다"고 지적했다.
안 의원은 특히 "의약품안전관리정보화시스템(DIMS)은 ▷의약품안전성정보와 관련된 보고를 접수하고도 허가사항에 반영 안한 경우 ▷의약품 제조품목 허가 또는 신고수리가 잘못 처리돼 의약품 효능·효과 등에 대해 수정을 안한 경우도 있었다"며 "막대한 예산이 투입된 의약품 안전관리시스템이 이렇게 허술하게 운영된다면 그 피해는 고스란히 국민의 몫으로 돌아갈 수밖에 없다"며 식약청의 정보화사업 구축 및 운영상의 문제점을 지적했다.