대한한의사협회는 신임 식품의약품안전청장의 임명에 즈음, 정부가 식의약청은 의약품을 관리 감독하고 약사감시를 담당하는 부처이므로, 청장에는 그 대상이 되는 약사 등 보건 의료관련 직능인을 임용하지 않겠다는 당초의 방침에서 크게 후퇴한 것에 대하여 우려를 표했다.
하지만 협회는 신임청장이 십여년간 한국한의학연구원의 수석연구원으로서 연구에 전념하여온 학자라는 점에서, 한약·한약제제가 한방원리에 따라 관리될 수 있는 전담조직을 설치하는 등 "양약은 양약대로 한약은 한의약원리에 따라" 의약품관리를 할 수 있는 조직과 체계로 운영, 이같은 우려를 불식하여 주기를 당부했다.