복지부는 조모 교수가 지난 2001년 외국잡지 발표(혈우환자의 HIV 검사결과 염기서열이 한국형 B형인 것으로 보아 국내 혈액응고제제에 의한 감염임을 주장) 내용을 국내 모일간지에서 2002년 9월 인용·보도, 국회 보건복지위원회에서 재조사를 하도록 정부에 요청함에 따라 새로이 구성된 혈액제제에이즈감염조사위원회에서 조사를 수행했다.
조사결과 20명의 B형 혈우 HIV 감염자 중 10명은 "90년 9월에서 "93년 3월 사이에 감염이 이루어졌을 것으로 추정됐으며 이중 5명은 감염추정기간 중 국내 혈액응고제제이외의 다른 외국산혈액응고제제나 수혈을 받은 기록이 없는 것으로 밝혀졌다.
또한 투여된 혈액응고제제에 대한 환자-대조군 연구에서 1990년 투여 국내 혈액응고제제가 통계적으로 유의한 연관성이 있었다.
이외에 투여 혈액응고제제의 제품번호별 코호트연구에서는 제품번호 6개에서 통계적으로 유의한 연관성이 있었다.
또한 기존에 시행된 염기서열 분석 자료를 이용하여 HIV 유전자 염기서열, 국내 및 국외의 HIV 유전자 염기서열을 계통발생적으로(phylogenetic) 분석한 분자역학적 조사결과 혈우, 비혈우, 매혈 HIV 감염자 및 외국 대조군에 대한 계통수(系統樹)분석은 국내 HIV 분리주가 외국 분리주와는 구별되는 뚜렷한 집락을 형성하고 있었고 일부 혈우감염자와 매혈감염자를 제외한 대부분의 혈우환자와 매혈감염자가 국내 HIV 분리주 그룹에 속해 있는 것으로 밝혀졌다.
혈액응고제제 원료제공자로 제기된 일부 매혈자와 혈우환자가 계통수 분석에서 밀접하게 위치해 있었으나 확률적인 유연관계를 증명할 수 없었는데 이는 분석대상 혈우환자 및 매혈자의 검체채취시기 차이 등으로 인하여 혈우감염자와 매혈감염자 간의 의의있는 연관성 분석이 가능하지 않았다고 복지부는 설명했다.
이에따라 국내 분리주 그룹에 속한 혈우감염자는 국내 감염자를 통해 감염되었을 가능성이 높은 것으로 분석됐다.
복지부는 결론적으로 1990∼1993년 기간동안 혈우 환자에서 발생한 HIV 감염에 대한 조사위원회의 역학 및 분자생물학적 연구조사 결과 일부 혈우 환자에서 국내 혈액응고제제에 의해 감염되었을 가능성이 의심된다고 밝혔다.
한편 이번 조사는 의료계, 약학계, 소비자 및 관련단체의 전문인사 15명을 위원으로 혈액제제에이즈감염조사위원회(위원장 가톨릭의대 강문원 교수, 조사소위원회위원장 한양의대 최보율 교수)를 새로이 구성, 조사했다.
역학조사는 항체미형성기를 6개월로 설정하여, 환자-대조군 연구, 코호트연구를 수행, 분자생물학적 조사에서는 유전자은행에 기 등록된 287주 염기서열 ("96년은 15명, 26주)을 분석했다.
또 이미 다른 조사들에서 안전성이 입증된 혈액응고제제 제조공정에 대하여는 재조사하지 않았다.