2004년도 뇌연구촉진시행계획에 따르면 뇌 프론티어사업, 뇌신경생물학사업, 뇌신경정보학사업, 뇌의약학사업단(복지부 지원)간의 연계성을 강화하여 시너지 효과를 제고한다는 방침이다.
또한 뇌신경생물학사업은 뉴우런, 시냅스 연구 등 기초기전연구 및 신약타겟발굴 중심으로 재편성하고 뇌신경정보학사업은 2단계까지의 연구결과를 총결집하여 인공두뇌 개념설계, 뇌기능영상기법 발굴 등 실용화를 위한 기반을 마련키로 했다.
뇌의약학사업(복지부 주관)은 퇴행성 뇌질환 및 정신질환 등 임상연구를 강화한다는 방침이다.
3단계 사업이 시작되는 올해에는 5개부처가 뇌의 종합적인 이해, 뇌정보처리응용 및 뇌질환 극복을 위한 연구개발사업을 위해 과학기술부 223억원, 보건복지부 33억원, 교육인적자원부 25억원, 산업자원부 22억원, 출연(연) 63억원 등 총 366억원을 투입할 예정이다. 한편 정부는 99년 뇌연구촉진기본계획을 수립, 98년부터 2007년까지 10년동안 총 4,106억원(정부2,986억원)을 투입하여, 2007년에 특정분야의 기술수준을 선진국수준으로 끌어올린다는 목표아래 뇌연구개발사업을 추진해 왔다.
뇌연구촉진기본계획은 3단계로 구분·시행, 기 종료된 2단계(01∼2003) 기간 중에는 "00년 1,100여명에 불과하던 뇌과학 및 뇌의약학분야의 연구인력이 1,780여명으로 늘어났고, 1·2단계에서 축적된 뇌과학 연구분야의 기초 및 기반을 활용하여 2003년 장기 대형 사업인 뇌프론티어사업을 착수했다.
뇌연구분야의 논문이 양적으로는 연간 100여편 이상이 발표되었고, 질적으로는 Science, Nature Neuroscience, Neuron, Journal of Neuroscience 등 외국의 저명학술지에 다수의 국내연구논문이 게재되는 등 국제적인 수준의 뇌연구 성과도 거둔 것으로 평가되고 있다.