이는 19일 한국조세연구원 손원익 연구위원이 재정포럼 3월호에 기고한 "의료기관 조세정책의 현황과 정책방향"이라는 보고서에서 지적됐다.
손위원은 "의료기관 관련 세금은 10개에 이르고 있으며 설립 근거법, 관할 정부 부처, 병원의 성격, 법인 운영 형태 등에 따라 세금이 달리 매겨지고 있는 것은 문제"라고 밝혔다.
손위원은 또 "의료기관은 공익성이 요구되는 비영리 기관이라는 공통점에도 불구하고 각종 세제가 다르게 적용돼 불이익을 받는 경우가 발생하고 있다"고 지적했다.
특히 이런 문제는 향후 의료시장 개방시 경쟁력을 약화시키는 근본적인 문제가 될 수 있으므로 영리법인 정리가 필요하다고 분석했다.
손위원은 이를 의료기관 형태별로 볼 때 사단 또는 재단법인과 의료법인은 사회복지법인이나 학교법인과 비교할 때 사업준비금에 대한 세금이 2배 이상 높고 재산세와 종합토지세 등 지방세 비과세 혜택도 못받고 있다는 것.
이밖에도 첨단의료기기에 대해 관세를 65~85%까지 경감할 수 있도록 규정한 조세특례제한법이 올해부터 폐지돼 의료기관들의 의료기기 구입 부담까지 늘어났다고 밝혔다.
손 위원은 이런 문제와 관련 의료기관에 대한 과세는 법인 정관과 서비스 내용, 운영 행태 등 공익적 요소들을 먼저 평가하고 이를 근거로 점수를 환산해 세제에 차등을 두는 방안이 가장 바람직한 방법이 될 것이라고 대안을 제시했다.
의료시장 개방에 대비해서는 현재의 상태를 빨리 개선해 4개 의료기관을 "출자가 인정되는 영리병원" "의료전문법인 영리병원" "경제특구 내의 영리병원" "주식회사 형태의 영리병원" 등으로 세분해 과세 방안을 마련할 필요가 있다고 지적했다.